A kőszegi alsóvár északi fala bizonyíthatóan a 13. század közepe utáni évtizedekben épült, ugyanekkor épült fel az észak-keleti torony, melynek érdekessége, hogy nem épült hozzá a várfalhoz. Korai jellegére vall, hogy a bejárata az első emelet magasságában nyílik és belső lépcső vezet a második szintig. Ugyanebben az időszakban épült fel a vár másik három tornya és a tornyokat összekötő fal. Az első szakaszban felépült trapéz alakú területen álló vár 53x72 méteres volt. A falak pártázatosak voltak és valószínűleg fából készült épületek álltak a fal belső oldala mellett.
A várnégyszög kiépülését rövidesen követte a vár bővítése, mégpedig az északi oldalon. Az építtető minden bizonnyal Kőszegi Iván gróf lehetett a 13. század utolsó évtizedeiben. Az északi várfal belső oldala mellé egy 29 méter széles és 11 méter széles épület került. Az ekkor még álló felsővár mellett minden bizonnyal már inkább az alsóvárat szemelte ki lakhelyéül. A fűthető lakószobák, illetve a palota az emeleten, míg a gazdasági épületrészek és a konyha a földszinten kaphatott helyet. Az épületrész jobb védhetőségét biztosította az ekkor felépült ötödik torony és a két szomszédos torony felé néző lőrések.
A kőszegi vár következő építési szakasza az 15. században mehetett végbe, amikor az ország második leggazdagabb és leghatalmasabb főura már újabb elvek szerint bővítette a várat, elsősorban reprezentációs igényeinek kifejezéseképpen. Az építkezések kezdete az első kályhák alapján az 1520-as évekre tehető. Az északi palota felépülésével a következő szakasz a nyugati oldal beépítése volt. A nyugati oldalon felépített épület teljesen egybeolvadt a várral, nem úgy, mint az északi palota. Építésénél a védelmi funkciókat még szem előtt tartották ezt mutatja az udvar felé néző három résnyílás. Az északi palota tornyától balra eső emeleti falszakaszt átépítették, mégpedig téglával. Ezt követte a vár keleti és a déli oldalának belső részén emelt egyemeletes lakóépületek megépítése. Ellentétben a nyugat oldalon lévő beépítéssel sem a déli, sem a keleti oldalon lévő épületek nem töltötték ki a tornyok közötti teret.
A kőszegi uradalom 1445-től 1482-ig Habsburg Frigyes zálogbirtoka volt. Ez idő alatt Bernhard Mitterndorfer, Friedrich Zenger, Ulrich I. von Grafeneck és Christoph Rottaler kezelésébe (alzálogába) kerül az uradalom. 1482-ben Mátyás király visszahódítja Kőszeget, és Batthyány Boldizsárt állítja a vár élére, aki viszont familiárisára (Cholnoki Albert várnagy) bízza az erődöt. Az elveszik I. Miksa hadjárata során. A pozsonyi békeszerződés után Kőszeg ismét a Habsburgok kezére (III. Frigyes) kerül. Ekkor Siegmund és Heinrich Prueschenk a zálogbirtokosok. 1526-ban Báthory István nádor a birtokos, ő szedi a város jövedelmeit, 1529-ben Mária királyné. Ez idő alatt kerül Kőszeg Jurisics Miklós báró kezelésébe 1529-tól 1543 ig. A báró halála után az Alsó- Ausztriai Kamara igazgatása alá vonja az uradalmat 1544-től 1545- ig. A következő időszakban sűrűn váltják egymást a zálogbirtokosok, 1586-tól a Széchy család kapja az uradalom zálogát. Ebben a korszakban élt rövid ideig Széchy Mária a városban. 1647-ben a várost és az uradalmat visszacsatolták az anyaországhoz, III. Ferdinánd a következő évben szabad királyi várossá tette. A korszakban a várat többször átépítették. Az ostrom után fel kellett újítani. A Széchyek idején új arcolatot kap a vár belső része.
Az Esterházyak 1695-től 1932-ig voltak a vár birtokosai. Az vár és uradalom megszerzésével a Nyugat-Magyarországon elterülő birtok komplexumukat egészítették ki. Ebben az időszakban a vár mint uradalmuk központja funkcionált. Az egykor szebb napokat megélt vár magtárrá és istállóvá alakult. A pincékben tárolták az uradalom szőlőiben megtermelt és a járadékként beszedet borokat nagy fahordókban. A vár újkori történetében legjelentősebb esemény az 1777-es tűzvész, melyet követően már nem építettek vissza minden tornyot. az északi szárnyat és az udvart is átalakították. Ekkor került ide az egykori kápolna barokk oltára. Az elővárban is folytak építkezések. A várat 1932-től határőrlaktanyának használták.